در مدرسه معرفتی، شناسایی، رفع عارضه ها و روش های تدریس، از مبانی اسلامی استخراج می گردد. به این منظور جلسات هفتگی تحت عنوان مرکز تحلیل با حضور معلمین، دبیران و اساتید برگزار می شود. مرکز تحلیل مکانی جهت رفع عارضه ها و حرکت به سمت تولید الگوی تدریس معرفتی است.